Pierwsza wzmianka źródłowa o kościele poprzedzającym obecną budowlę gotycką, pochodzi z roku 1267 z dokumentu donacyjnego – księcia Władysława wrocławskiego.Kościół nosił wezwanie św. Marii Egipcjanki i znajdował się poza ówczesnym obszarem miasta, na zewnątrz obiegającej go fosy i obwarowań obronnych, na południowy zachód od (późniejszej) Bramy Oławskiej.

Metrykę kościoła należy cofnąć przynajmniej o kilkadziesiąt lat i uznać jego istnienie równolegle do kościołów, m.in. św. Wojciecha, św. Marii Magdaleny i św. Maurycego, a zatem do okresu jeszcze przedlokacyjnego Wrocławia. Wezwanie św. Marii Egipcjanki, pokutniczki, należało w Polsce do bardzo rzadkich średniowiecznych patrociniów – obok kościoła wrocławskiego wzmiankowane było jeszcze w świątyni na wzgórzu wawelskim.

W roku 1291 skierowano wody Oławy do wewnętrznej fosy wokół miasta, co podniosło jej wartość użytkową – gospodarczą; wzdłuż jej biegu wznosiły się wówczas młyny i inne urządzenia wymagające bieżącej wody, m.in. garbarnie. Fakt ten pozwala zrozumieć obecność i rangę kuśnierzy w życiu naszego kościoła; od XIV wieku notujemy coraz częściej ich fundacje: pierwsza źródłowa fundacja z 1343 roku mówi o zapisie 70 grzywien na budowę ołtarza, który w przyszłości pozostać miał ołtarzem pod patronatem cechu.

W roku 1416 kuśnierz Grzegorz Deutschlender ofiarował kościołowi 12 grzywien rocznego czynszu w celu utrzymania kapłana znającego język polski i niemiecki. Fakt ten dowodzi, że kościół obejmował swoją działalnością duszpasterską społeczność polskojęzyczną, także rzemieślniczą, zamieszkującą część miasta w obrębie ulicy oławskiej, nazywanej w najstarszych księgach rachunkowych Wrocławia quartale pellificum.

Na przełomie XIV i XV wieku trwała budowa obecnego, gotyckiego kościoła. Znamy budowniczego sklepień – mistrza Henryka z Ząbkowic, z którym w roku 1409 zawarto umowę o wykonanie tych prac. Na II dekadę XV wieku przyjąć można, że kościół ten – bez późniejszych przybudówek i wieży ukończonej w 1461 roku – w pełni już funkcjonował.

Jest to budowla jednonawowa, trójprzęsłowa, opięta przyporami, z prezbiterium wydzielonym ostrołukową arkadą tęczową, zamkniętym pięciobocznie. Sklepienie korpusu – sieciowe (rzadkie na Śląsku), a w prezbiterium krzyżowo-żebrowe. Okna dwustronnie rozglifione, dawniej z maswerkami (po wojnie nieodtworzonymi). Wieża (podwyższona w 1575 roku, w 1698 roku zwieńczona hełmem barokowym) dzielona gzymsami – czterokondygnacjowa, przylega do kościoła od strony północno-zachodniej. Dach kościoła jest dwuspadowy.

Reformacja pojawiła się we Wrocławiu wcześnie: pierwsze nabożeństwo w jej duchu odprawił Johann Hess w głównym kościele miejskim św. Marii Magdaleny, któremu podporządkowany był – jako filialny – kościół św. Krzysztofa. Tak jak inne kościoły luterańskie również naszą świątynię dostosowywano do nowych wymagań liturgicznych i pasterskich, przekształcano wnętrze pod kątem funkcjonalności. 

Wkrótce po roku 1600 zbudowano w nawie empory, wsparte na sześciu drewnianych kolumnach, dekorowanych plecionką warkoczową. Początkowo za ambonę służyło drewniane krzesło, tzw. kaznodziejskie, w XVII wieku zastąpione właściwą kazalnicą, umieszczoną na ścianie przy łuku tęczowym, po stronie północnej; w jej polach przedstawiono czterech ewangelistów z ich atrybutami oraz chrzest Jezusa w Jordanie, a na podniebiu baldachimu – gołębicę, symbol Ducha Świętego, wyżej anioły trzymające Arma Christi, a w zwieńczeniu ambony – Zmartwychwstałego Chrystusa. W prezbiterium umieszczono chrzcielnicę; od roku 1765 do końca ostatniej wojny była to skromna barokowa, polichromowana chrzcielnica. Na belce tęczowej pozostał gotycki, duży drewniany krucyfiks z końca XIV wieku, a w pobliżu łuku tęczowego stała figura Chrystusa Frasobliwego.

Duszpasterstwo kościoła od najdawniejszych czasów obejmowało w dużym stopniu społeczność polskojęzyczną. Potwierdza to wspomniana już fundacja z 1416 roku oraz wcześniejsza wzmianka źródłowa z 1411 roku, mówiąca o tutejszym polskim kaznodziei Mikołaju Zedlitzu, jak również późniejsze fakty, jak obecność w inwentarzach księgozbioru kościoła z lat 1688 i 1755 Biblii, katechizmów i śpiewników w języku polskim.

W kościele działali zasłużeni i znani nam duszpasterze ewangeliccy, jak Mikołaj Siderius z Lubelszczyzny, drugi po Michale Bucku (1550–1560) polskojęzyczny duszpasterz, nabywca licznych polskich książek dla kościelnej biblioteki; Michael Kush (Kusz) (ok. 1600–1654), autor słownika niemiecko-polsko-łacińskiego (1646); Paweł Twardy (1737–1807), cieszynianin, wydawca „Postylli S. Dambrowskiego”, „Modlitw dla nabożeństwa chrześcijanina”. Nabożeństwa i kazania w języku polskim odbywały się tutaj niemal do końca XIX wieku.

W 1945 roku kościół został zniszczony w 75%, z dawnego wyposażenia nie zachowało się prawie nic. Odbudowa ciągnęła się do lat 70.

Do regotyzowanego, oczyszczonego z tynków, kościoła, przeniesiono z kościoła ewangelickiego w Masłowie koło Trzebnicy XVI–wieczny (wykonany po 1592 roku) tryptyk. W szafie ołtarza przedstawiono ukrzyżowanie Chrystusa na tle Jerozolimy, pod krzyżem po lewej stronie widnieją postacie starotestamentowe: Mojżesz i Dawid, po przeciwnej – św. Paweł i Jan Chrzciciel. W zwieńczeniu ołtarza przedstawiono Zmartwychwstałego Chrystusa; w skrzydłach otwartych – płaskorzeźbione wyobrażenia czterech ewangelistów, którym towarzyszą sentencje z czterech Ewangelii; na rewersie – cztery malowane sceny. Z kaplicy w Słupcu koło Nowej Rudy przeniesiono ambonę, ławki, chrzcielnicę oraz organy.

Obecnie kościół św. Krzysztofa – przez wieki służący mniejszości polskiej – gromadzi wokół siebie dwie mniejszości: mieszkańców Wrocławia i Dolnego Śląska, których językiem ojczystym jest niemiecki, a także Polaków przywiązanych do tradycyjnej liturgii luterańskiej.